我國國家賠償之程序採書面請求原則及協議先行原則。即依國家賠償法請求損害賠償時，應先以書面向賠償義務機關請求。賠償義務機關對於該項請求，應即與請求權人協議。

倘拒絕義務機關拒絕賠償，或自提出請求之日起逾不開始協議，或自開始協議之日起逾60日協議不成立時，請求權人才可以提起損害賠償之訴。其程序(流程)可圖示如下：

註一：實務上，因涉公務員是否失職及日後最終之賠償責任，故能達成協議者，可謂鳳毛龍麟，極為少數。

註二：國家賠償事件性質上雖屬公法事件，但立法上機於方便訴訟進行之考量，將其劃歸民事法院管轄，所以起訴應向地方法院提起損害賠償之訴。

故國家賠償之程序可歸納如下：

(一) 以書面向賠償義務機關(即公務員所屬機關；如在受委託行使公權力之情形，則以委託機關為賠償義務機關)提出，應載格式如施行細則第17條規定。

(二) 在法定期間提出(國賠法第8條第1項)：自知有損害時起2年，或自損害發生時起5年。

(三) 若請求權人於：

1.提出請求後賠償義務機關拒絕賠償

2.自提出請求之日起，逾30日不開始協議

3.自開始協議之日，逾60日協議不成立

4.或雖未於60日，但已無達成協議之可能者，得向地方法院提起損害賠償之訴(按：應自提出請求之次日起6個月內為之，否則已中斷之時效視為不中斷，時效繼續進行，屆時如果時效已經過，將發生請求權人失權之效果)。