工程糾紛處理方式，依照工程契約之性質與標的金額，而有不爭之紛爭處理模式，大致可分為協商、和解、調解、訴訟及仲裁等五種。然而因為現代工程糾紛越趨複雜、專業、高度技術性，因而有學者提出其他之訴訟外處理糾紛之方式，將對工程糾紛之處理帶來新的助益。
以下為紛爭處理方式：
(一) 協商：
當施工過程中業主與營造廠商發生糾紛時，先由雙方當事人自行協商， 互為讓步，解決雙方之爭議。惟此種方式，常由於雙方地位不平等，至糾紛之發生原因與責任歸屬並未在協商過程中獲得釐清。

(二) 和解：
在工程契約雙方當事人尚未就爭議提起訴訟或提付仲裁前，以和解方式化解雙方間之糾紛，較能迅速經濟地解決紛爭，減少當事人產生敵對之態度，以冀工程能夠順利進行。

(三) 調解：
是以仲裁機構、法院或其他第三者為調解人，由其勸導紛爭當事人相互禮讓，自願達成協議，以解決紛爭之方式。由公正之第三人積極居中協調，降低雙方當事人間之對立與衝突，瞭解爭議之所在，尋求解決糾紛之道。於公共工程履約過程發生爭議時，按政府採購法第85之1規定，履約爭議廠商申請調解者，機關不得拒絕。即以調解解決雙方爭議，使工程得以順利進行。

(四) 訴訟：
當人民之權利被侵害時，得向法院提出訴訟主張自己法律上權利，由國家司法程序的強制力介入，以終結彼此爭議。但訴訟程序費時費力，訴訟進行中，常導致整個工程停擺、財務困頓。且法官通常僅有法律背景，而欠缺工程方面之專業常識，無法理解工程實務之艱鉅與困難之處，因而做出欠缺工程專業而背離事實之判決，常不符合當事人之期待，故仍建議當事人循前述之方法解決紛爭，較為妥適。